Hvordan lage en ny Rapporteket-applikasjon

Beskrivelsen under er ikke nødvendigvis utfyllende og forutsetter kjennskap til R og bruk av git og GitHub. Som en ekstra støtte anbefales R pacakges av Hadley Wickham og spesielt beskrivelsen av git og GitHub.

Lag ditt eget prosjekt basert på templatet

Denne delen kan være relevant om det er ønskelig å benytte templatetet som utgangspunkt for etablering av nye registre på Rapporteket.

  1. Hent ned prosjektet rapRegTemplate
git clone https://github.com/Rapporteket/rapRegTemplate.git appnavn
  1. Slett mappen .git
  2. Initiér nytt git repository
  git init .
  git add .
  git commit -m "init commit"
  1. Erstatt rapRegTemplate med valgfritt pakkenavn i koden og rydd i prosjektet (f.eks. ved bruk av vscode). Husk å commit underveis.
  2. Bygg, installér og kjør pakken i R/RStudio. Test gjerne at innebygget Shiny-applikasjon fungerer på samme vis som i prosjektet “rapRegTemplate”

Opprett database for logging og abonnement

Mye av kjernefunksjonaliteten i Rapporteket og rapbase er avhengig av at det finnes databaser for logging og abonnement. Kode for å lage disse ligger i pakken rapbase og gjengis her.

Abonnement-database

Miljøvariablen MYSQL_DB_AUTOREPORT brukes av rapbase for å finne navnet på abonnement-databasen. Hvis man har abonnement-funksjonalitet i sitt rapportek, må denne miljøvariabelen defineres:

Sys.setenv(MYSQL_DB_AUTOREPORT="db_autoreport")

Navnet db_autoreport er valgfritt.

Selve databasen lages slik:

CREATE DATABASE IF NOT EXISTS `db_autoreport`
USE `db_autoreport`;

CREATE TABLE IF NOT EXISTS `autoreport` (
  `id` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `synopsis` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `package` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `fun` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `params` text COLLATE utf8mb4_danish_ci,
  `owner` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `email` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `organization` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `terminateDate` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `interval` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `intervalName` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `runDayOfYear` text COLLATE utf8mb4_danish_ci,
  `type` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `ownerName` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `startDate` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8mb4 COLLATE=utf8mb4_danish_ci;

Logg-database

Når rapporteket-applikasjonen starter opp og brukes, skrives det til to tabeller i en logg-database. Dette kommer i tillegg til det som logges i Norsk Helsenett sine systemer. Det skriver til disse to tabellene når rapbase-funksjonene appLogger, repLogger og autLogger brukes. Se rapbase sin dokumentasjon for mer informasjon om bruk av disse funksjonene.

Miljøvariablen MYSQL_DB_LOG brukes av rapbase for å finne navnet på logg-databasen, og må defineres:

Sys.setenv(MYSQL_DB_LOG="db_log")

Navnet db_log er valgfritt.

Selve databasen lages slik:

CREATE DATABASE IF NOT EXISTS `db_log`;
USE `db_log`;

CREATE TABLE IF NOT EXISTS `appLog` (
  `id` int(9) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `time` datetime DEFAULT NULL,
  `user` varchar(127) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `name` varchar(255) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `group` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `role` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `resh_id` varchar(31) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `message` varchar(2047) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_danish_ci;


CREATE TABLE IF NOT EXISTS `reportLog` (
  `id` int(9) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `time` datetime DEFAULT NULL,
  `user` varchar(127) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `name` varchar(255) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `group` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `role` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `resh_id` varchar(31) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `environment` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `call` varchar(2047) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `message` varchar(2047) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_danish_ci;